弘光元年三月，清豫亲王多铎率兵至归德，四月十五日，围扬州。可法调各镇来援，无一人听命。多铎五次写信劝降，可法不理。二十五日城破，可法被执。多铎宾礼相待，口呼先生，说：“我再三拜请，都被叱回，今天先生对旧朝忠义已尽，敢烦替我大清收拾江南，不愁没有厚报。”可法大怒道：“我是中国男儿，岂肯苟且偷活，做万世罪人！头可断，身不可屈，劈尸万段，我极愿意。”可法被杀。部将刘肇基率残兵巷战，全军战死，无一人投降。清兵屠扬州十日，据焚尸簿所载，尸数在八十万以上。全国最富庶的扬州城，顿时化为骨山血海（城中屠杀惨状，王秀楚《扬州十日记》记载甚详）。
清军克扬州，渡江攻南京，士英还大言：“长江天堑（壕沟），敌不足虑。”由崧正在夜宴（由崧自写一联道：“万事不如杯在手，一年几见月当头。”昏谬如此）。败报忽至，急率宦官妃妾奔投芜湖黄得功军，士英率黔兵（士英贵州人）奔浙江。南京文武大臣如王铎、钱谦益等相率出城跪迎，各献重礼求降。其中钱谦益自夸廉洁名士（曾挂名东林党），送礼最薄。礼单上恭楷写“太子太保礼部尚书翰林院学士臣钱谦益谨献流金金银器、珐琅银壶一具，蟠龙玉杯、宋制玉杯、天鹿犀杯、葵花犀杯、芙蓉犀杯、珐琅鼎杯各一套，珐琅鹤杯、银镶鹤杯各一对，宣德宫扇、真金川扇、弋阳金扇、弋奇金扇、百子宫扇、真金杭扇各十柄，真金苏扇四十柄，银镶象箸（筷）十双”。薄礼如此，余人厚礼可知。刘良佐降清，引清兵攻黄得功，得功战死。总兵田雄缚由崧降清，江南平。