就是在上海海军宣布独立的6月25日，四川也发生了一件大事，原四川督军陈宦被重庆镇守使周骏击败，逃亡成都成了逃亡将军。在陈宦宣布独立的时候，袁世凯就急忙提升川军第一师长兼重庆镇守使周骏督理四川军务，周骏随即率军进驻成都，驱逐陈宦。在袁世凯死后，段祺瑞授意当时还依附于他的北洋军驻川统帅曹锟暗中支持周骏。周骏在曹锟的支持下接连攻克永川、隆昌、内江，并派旅长王陵基率兵进抵资中，从而切断成都与叙府之间的联系，同时高呼“川人不打川人”的口号，以博取护国军方面川籍将领刘存厚、熊克武等的同情。周骏兵临成都城下，陈宦急忙向蔡锷告急，但此时蔡锷的喉结核症非常严重，只好电请唐继尧补充兵员和武器，又抽调刘云峰的一个梯团由叙州开赴自流井，然后向内江和资中出击。但一切为时已晚，6月25日，周骏兵临城下，陈宦只能让出成都。
但是，周骏也没有在成都待多久，仅仅过了四天，护国军刘存厚就打进成都，北京政府只好任命蔡锷为四川督军兼省长以节制护国军，把周骏召回北京候用。在《约法》之争告一段落之后，段祺瑞必须着手对付南方的护国军了，虽然袁世凯病逝在陈树藩、陈宦、汤芗铭等宣布独立的时候，但谁心里都清楚，真正让袁世凯殚精竭虑、劳虑成病的是南方的护国军。对于北洋系来说，他们也不能允许护国军不断扩张势力，段祺瑞此时召集自己的幕僚，不得不煞费苦心地商议如何瓦解护国军。